Часто можно увидеть на форумах вопросы, связанные с проблемой кодировок при использовании, например FTP менеджера gft и пр. Далее народ ищет и патчит проги.
Лично я использую FileZilla.
В FileZilla кодировки настраиваются, поскольку в этой программе есть возможность задать нужную кодировку на определённый ftp-сервер.
И делается это через менеджер хостов, при создании или редактировании хоста, на последней вкладке свойств.
Там даже подписано "кодировка".
